Česká otiatrická klinika (předchůdce otorinolaryngologické kliniky) byla založena 15. května 1892 prof. MUDr. Emiliánem Kaufmannem (1852 – 1912). Klinika vznikla rozštěpením německé ušní kliniky ve Všeobecné nemocnici, kterou založil a vedl prof. MUDr. Emanuel Zaufal a která působila na Karlo-Ferdinandově c.k. univerzitě od roku 1874 a byla jednou z nejstarších ušních klinik celosvětově. Nově založená česká klinika měla 10 lůžek ve Všeobecné nemocnici v Praze. Prof. Kaufmann se věnoval pedagogické práci a zejména se zaměřil na to, aby studenti získali praktické znalosti. Napsal učebnici otologie a publikoval 10 odborných článků. V roce 1888 provedl mastoidektomii, která byla podrobně popsána až v roce 1897 Stackem a pojmenována radikální operací. Popis osobnosti prof. Kaufmanna by nebyl úplný, kdybychom nezmínili jeho umělecké sklony. Byl sběratelem obrazů , z nichž některé zdobí pracovnu přednosty kliniky dodnes. Komponoval také okolo 40 vokálních skladeb. Emanuel Kaufmann byl přednostou kliniky 20 let, tedy do roku 1912.
Druhým přednostou české otolaryngologické kliniky byl prof. MUDr. Otakar Kutvirt (1867 - 1929), který se ujímá vedení kliniky v roce 1912. Na jeho popud vzniká v roce 1921 Česká otorinolaryngologická společnost a prof. Kutvirt je jmenován jejím prvním prezidentem. Klinika prochází velkým rozvojem, rozšiřuje se na 37 lůžek. Kutvirt byl autorem 65 publikací a dvoudílné učebnice otologie. Prováděl i velmi komplikované operace a byl dokonce jedním z prvních, kteří se pokusili o operaci vestibulárního schwannomu. Prof. Otakar Kutvirt se také věnoval poezii a tato záliba jej provázela celý život. Přednostou kliniky byl do roku 1929, tedy 17 let.
V roce 1930 se stává přednostou pražské ORL kliniky prof. MUDr. Antonín Přecechtěl (1885 - 1972). Pod jeho vedením došlo k revoluční přestavbě kliniky a bylo vytvořeno nové, moderní pracoviště světové úrovně. Přecechtěl vybudoval teoretické zázemí kliniky pro laboratorní a experimentální bádání, hlavně se věnoval výzkumu vestibulárního a sluchového aparátu. Vybudoval i laboratoř Československé akademie věd a stal se i prvním ředitelem této laboratoře. Prof. Přecechtěl zavedl onkologickou chirurgii a stává se zakladatelem české otolaryngologické školy a řada jeho žáků zastávala významná vedoucí místa v oboru. Jako přednosta kliniky působil do roku 1960, tedy celých 30 let. K dokreslení košaté osobnosti prof. Přecechtěla patří i šíře jeho kulturních zájmů v oblasti krásného písemnictví, malířství, hudby a architektury a osobní přátelství s mnohými protagonisty uvedených profesí.
V roce 1960 se stává přednostou kliniky prof. MUDr. Karel Sedláček (1913 - 2006). Sedláček měl hluboké znalosti nejen z medicíny, ale i z matematiky a fyziky a systematicky se začal věnovat audiologii. V popředí jeho zájmu se objevuje sluchová problematika a zájem o analýzu hlasu a řeči. Prof. Sedláček změnil pohled na otorinolaryngologii a vybudoval z ní speciální chirurgický obor. Jako vůbec první začal využívat rutinně operační mikroskop. Celosvětovou prioritu dosáhl v hrtanové chirurgii a v mikrochirurgii středního ucha. Prof. Sedláček měl velký zájem i o estetiku hlasu, stává se velmi významnou osobou evropské a světové otolaryngologie. V roce 1976, tedy po 16 letech, odchází vést Foniatrickou kliniku a jeho nástupcem se stává prof. Stanislav Tichý.
Prof. MUDr. Stanislav Tichý, DrSc. (1919 - 1998) se ujímá vedení kliniky v roce 1976, věnuje se celé šíři otolaryngologie, zejména však endoskopické problematice, ve které dosahuje unikátního postavení v České republice. Zavádí resekční onkologické operace a originální přístupy. Pod jeho vedením jsou zaváděny i první laserové operace. Prof. Tichý dokázal racionálně přeorganizovat běh kliniky. Publikoval asi 130 vědeckých prací, z nichž některé jsou unikátní dodnes. Přednostou kliniky byl do roku 1986, tedy 10 let. Prof. Tichý měl hluboké znalosti v oblasti historie a biologie.
V roce 1986 se ujímá vedení kliniky prof. MUDr. Jan Betka, DrSc., FCMA (nar. 1949). Věnoval se celé šíři oboru. Pod jeho vedením bylo na pracovišti založeno Centrum laserové chirurgie, v roce 1987 byla provedena první kochleární implantace v Československu a vzniklo první Centrum pro kochleární implantace. Významně se rozšířily operační onkochirurgické techniky (zavedení konceptu blokových krčních disekcí, rekonstrukční techniky, atd.). Byla zavedena chirurgie baze lební (pracoviště provádí nejvíce operací vestibulárních schwannomů v ČR), chirurgie štítné žlázy a příštítných tělísek (až 800 operací ročně), rozšířena chirurgie slinných žláz, byly provedeny první endoskopické operace paranazálních dutin v ČR a následně zaveden endoskopický přístup do chirurgie baze lební. V roce 1997 dochází k přestěhování pracoviště do Motola a dochází k významnému navýšení jeho kapacity. Pod vedením prof. Betky na klinice začala působit katedra otorinolaryngologie IPVZ. Prof. Betka zavedl těsnou spolupráci kliniky s experimentálními pracovišti. Je autorem a spoluautorem více než 300 publikací, dvakrát obdržel cenu ministra zdravotnictví za nejlepší vědecký grantový projekt. Význam české otorinolaryngologie byl oceněn v roce 2015 pověřením uspořádat celoevropský otorinolaryngologický kongres, jehož byl prof. Betka prezidentem. Kongresu se zúčastnilo téměř 4000 otolaryngologů z celého světa. Vychoval řadu kolegů, kteří úspěšně působí jako přednostové a primáři po celé České republice. Přednostou kliniky byl do roku 2016, tedy 30 let.
Současným přednostou je prof. MUDr. Jan Plzák, Ph.D.